Trong cuộc đời làm quan, làm một học giả, Phạm Quý Thích đã để lại cho đời sau những tác phẩm như: “Thảo Đường thi nguyên tập”, “Lập Trai văn tập”... Điểm nổi bật trong tác phẩm của ông là ông dùng thơ văn chữ Hán để bộc lộ sự hoài cổ sâu sắc, ông luôn thương nhớ về thuở hoàng kim của nhà Lê. Ông thường vịnh cảnh đền chùa, cảnh thiên nhiên để gửi gắm nỗi buồn nhân thế. Và phong cách đó cũng xuất hiện trong các bài thơ vịnh sử. Ông cũng có sáng tác một tập truyện ngụ ngôn có tên là Tân truyền kỳ lục trong đó thể hiện sự bất bình đối với những nhà Nho bỏ nhà Lê phụng sự nhà Tây Sơn.
Với tư cách thầy giáo, Phạm Quý Thích là một nhà giáo dục có uy tín. Ông có những học trò nổi tiếng như Nguyễn Văn Siêu, Nguyễn Văn Lý, Chu Doãn Chí... Các học trò này về sau đã thu thập các tác phẩm của ông để tập hợp thành các tác phẩm đồ sộ. Ông cũng đã sưu tầm tài liệu để biên soạn thành những cuốn sách làm tư liệu cho học sinh học tập.
Phạm Quý Thích là một học giả uyên bác, một thầy giáo đạo cao đức trọng tuy nhiên ông lại là người rất khiêm tốn. Ông luôn học hỏi những điều hay từ những người xung quanh để bổ sung cho tri thức của mình. Phạm Quý Thích cũng là người đầu tiên phát biểu cảm xúc về truyện Kiều của Nguyễn Du. Người ta nói rằng, sau khi viết xong “Đoạn trường tân thanh”, Nguyễn Du đã đưa bản thảo cho Phạm Quý Thích đọc và Phạm Quý Thích đã viết lời đề từ tiếng Hán cho tập truyện này (tạm dịch) là:
Nửa phối đoạn trường tan giấc điệp
Một dây bạc mệnh đứt cầm loan
Cho hay những kẻ tài tình lắm
Trời bắt làm gương để thế gian.
Có lẽ Phạm Quý Thích là người tạo nên cho nền văn hoá nước ta một kiểu sinh hoạt mới đó là tổ chức bình luận cho một tác phẩm do người đương thời sáng tác. Ông cũng là người đầu tiên cho khắc in Truyện Kiều, rất tiếc bản in này đến nay đã thất lạc. Nói chung, Phạm Quý Thích có những đóng góp rất quan trọng đối với sự nghiệp văn hoá lẫn giáo dục.
Nguyễn Xuân