Tuy nhiên ông không màng đến chuyện thi cử công danh mà chỉ ham mê cuộc sống ẩn dật thanh cao. Người dân trong vùng mến mộ tài năng, đức độ của ông nên đã gửi con em tới xin dạy bảo. Dần dần số học sinh theo học ngày càng đông nên ông phải mở trường để dạy. Ông được đánh giá là một thầy giáo xuất sắc ở vùng Nam Bộ. Học trò của ông có nhiều người là những học giả nổi tiếng như Trịnh Hoài Đức, Ngô Nhân Tịnh, Lã Quang Định... Vua Gia Long nhiều lần mời ông ra làm quan nhưng ông từ chối, nhà vua mến phục ông nhưng không nài ép, lại còn ban cho ông danh hiệu: “Gia Định xử sỹ”.
Những tư liệu về cuộc đời và sự nghiệp của Võ Trường Toản được ghi lại khá cụ thể trong một tấm bia do Phan Thanh Giản và Nguyễn Thông soạn. Theo bài văn bia và một số tư liệu khác, người ta thấy rằng Võ Trường Toản là thầy giáo có những quan niệm về giáo dục khá đặc biệt. Ông dạy học trò không phải để đi thi, để lấy danh phận, địa vị. Trong quan niệm giáo dục truyền thống, ông rất tin tưởng vào Nho học. Tuy nhiên ông vận dụng lý thuyết giáo dục của Mạnh Tử nhiều hơn là Khổng Tử. Ông đã đem tư tưởng Mạnh Tử kết hợp với truyền thống dân tộc Việt Nam đặc biệt là truyền thống quật cường của người dân Nam Bộ để tạo thành một lối triết lý rất độc đáo. Võ Trường Toản nêu ra hai phương pháp rèn luyện là “Tri ngôn” và “Dưỡng khí”. “Tri ngôn” thể hiện ở sự học tập và thâu tóm kiến thức thực dụng: Biết cho ra biết, biết để mà làm “Dưỡng khí” là sự nuôi dưỡng, rèn luyện chí khí anh hùng. Trong quá trình dạy dỗ học trò, Võ Trường Toản thường đem những tấm gương sáng trong lịch sử để làm ví dụ minh hoạ. Vì vậy cách giáo dục của ông đã đem lại hiệu quả khá cao. Vì vậy, rất nhiều học giả đều thông nhất tôn Võ Trường Toản là bậc tôn sư. Khi ông mất, vua Gia Long truy phong ông là “Gia Định xử sỹ Sùng Đức Võ tiên sinh”. Hai thế kỷ sau nhà chí sỹ Huỳnh Thúc Kháng đã đánh giá rằng: “Ngàn năm học thánh bia Sùng Đức” để ca ngợi tài năng, công lao của Võ Trường Toản.
Khi ông mất, mộ ông được táng tại làng Hoà Hưng, huyện Bình Dương, tỉnh Gia Định. Sau đó thực dân Pháp chiếm được ba tỉnh miền Đông Nam Bộ, vì không muốn mộ ông nằm trong khu vực bị giặc chiếm nên Phan Thanh Giản, Nguyễn Thông đã chủ trương dời mộ ông về vùng Vĩnh Long. Điều này cũng đủ thấy uy tín của Võ Trường Toản trong giới trí thức lúc bấy giờ rất lớn.
Nguyễn Xuân