Cũng dịp này, Phan Bội Châu đã lập Duy Tân hội (tháng 5-1904). Trong một thời gian ngắn, ảnh hưởng của Duy Tân hội đã phát triển rất rộng lớn trong nước. Hầu hết các nhà danh nho, các nhà hằng tâm hằng sản có tinh thần yêu nước đều tham gia vào Hội, hoặc ủng hộ Hội tiền của để hoạt động.
Quan Phó bảng Sắc là bạn chí thân của Phan Bội Châu, nhưng ông không tham gia Duy Tân hội. Ông không tỏ thái độ tán thành mà cũng chẳng phản đối con đường của Phan Bội Châu. Ông thường trao đổi với Phan Bội Châu, Vương Thúc Quý về những nỗi đau mất nước. Ông quan niệm: Cơ trời vận nước dâu bể, một chí càn khôn khó chuyển vần. Sự nghiệp “thượng y y quốc”, lớp người hiện thời như ông chưa thực hiện được mà phải thế hệ con cháu mới có thể gánh vác được công việc lớn lao ấy. Cho nên, ông chỉ có thể làm phần việc “trung y y dân”.
Cung thường được nghe cha đàm đạo những quan niệm ấy với Phan Bội Châu, Vương Thúc Quý. Cung còn làm công việc liên lạc giữa Phan Bội Châu với những người bạn đồng tâm đồng chí của ông và cha mình. Có lần Cung nghe cha hỏi ông Phan về mục đích của Duy Tân hội. Cụ Phan trả lời: quét sạch bọn Tây dương ra khỏi bờ cõi, và “chúng ta nhờ nước Nhật tân tiến giúp đỡ”. Ông Sắc cho rằng "Vọng ngoại tất vong” (trông nhờ vào nước ngoài ắt sẽ thất bại). Nhưng Phan Bội Châu đã khẳng khái nói: Dù mục đích của bước đường tranh đấu không thành đạt, thì ta cũng phải dấn thân... Sinh vi nam tử yếu hy kỳ, khẳng hứa càn khôn tự chuyển di... Giang sơn tử hĩ sinh đồ nhuế, hiền thánh liêu nhiên tụng diệc si... (Đã sinh ra tiếng làm trai thì phải khác đời, chẳng lẽ cứ để mặc trời đất xoay vần tới đâu thì tới. Non sông mất rồi, sống thêm nhục, sách thánh hiền tẻ ngắt, càng đọc càng mụ đầu óc). Nghe được những điều bàn luận của các nhà nho yêu nước, Cung luôn trăn trở suy nghĩ về điều đó. Nhân lúc trên đường cùng cha đi tiễn Phan Bội Châu, Cung đã chiết tự về mục đích của hội Duy Tân. Cung viết lên bàn tay chữ “Vương” biến ra chữ “Tam”, chữ “Tây” biến ra chữ “Tứ”; nghĩa là "Rút ruột vua (bỏ nét sổ), tam dân bình đẳng. Chém đầu Tây (bỏ nét đầu) tứ chủng giai huynh”. (Tam dân: dân tộc độc lập, dân quyền tự do, dân sinh hạnh phúc; ý nói: đánh đổ chế độ vua chúa, mọi người bình đẳng. Tứ chủng: theo quan niệm ngày xưa có bốn màu da: vàng, trắng, đen, đỏ - tất cả đều là anh em; ý nói: đánh đuổi giặc Tây (Pháp), mọi người đều là anh em).
Ngay từ tuổi thơ, Nguyễn Sinh Cung đã sớm thể hiện chí khí “yêu nước, thương dân” của mình. Theo cậu: mưu phương, tầm kế cứu nước là vô cùng trọng đại. Đó là công việc của những người tai mắt, của các đấng trượng phu, của người lớn tuổi. Thế nhưng “Ai quốc bát phân nhân, vị bản, anh hùng vô luận thiếu niên do" (Tạm dịch: Lòng yêu nước không phân biệt đó là ai; đã có chí anh hùng thì chẳng phải tính đến tuổi nhỏ làm gì).
Bởi vì, truyền thống của lịch sử nước nhà, cậu bé làng Phù Đổng mới 3 tuổi đã đứng ra gánh vác việc đánh giặc Ân cứu nước; Trần Quốc Toàn đang tuổi thiếu niên, trộm nghe các bậc cha chú họp đại triều bàn việc chống giặc Nguyên, Trần Quốc Toản đã tự mình tập hợp một đạo quân hợp lực với chư tướng, chư quân dưới cờ Sát Thát của Hưng Đạo Vương. Như vậy, Nguyễn Sinh Cung có cùng suy nghĩ với cha về sự nghiệp cứu nước cứu dân của ông giải San.